История Свято-Троицкой церкви, как и история города Кургана, берет свое начало с основания Царева Городища.
Изначально на территории поселка Энергетиков, где находится нынешний Свято-Троицкий храм, располагался Царев Курган — насыпь, окруженная рвом, образованная на берегу реки Тобол. Когда Царево Городище, как называли в XVII в. город Курган, стояло еще на Арбинском яру, одной из первых там была выстроена церковь. Предположительно, названа она была во имя Святой Живоначальной Троицы, а в просторечии Троицкая. Во время многочисленных налетов церковь грабилась неоднократно, а может быть, и сжигалась. Перенеся слободу в конце XVII в. ниже по Тоболу, жители на месте первоначальной Троицкой церкви поставили деревянный крест-распятие и поддерживали его сохранность до тех пор, пока на его месте не построили часовню во имя Св. Троицы.
Как видно исторически развитие Кургана началось именно с этой части города, где была построена первая в городе (к сожалению, разрушенная) церковь во имя Святой Живоначальной Троицы.
В советское время значительная часть православных верующих, проживающая в п.Энергетиков, не имели подходящего помещения для проведения богослужений.
В декабре 1999 года на территории поселка Энергетиков в городе Кургане был зарегистрирована новая религиозная община – Свято-Троицкий приход. В 2005 году Администрацией города Кургана под храм передано отдельно стоящее одноэтажное здание бывшего рентгенкабинета.
В апреле 2006 года была проведена первая Литургия в храме Пресвятой Троицы.
С 2006 года и по настоящее время настоятелем прихода является священник Михаил Кучеров.
С 2010 года при Свято-Троицком храме действует самая большая воскресная школа «Покров» со своим отдельно стоящим зданием. Здание находилось в плачевном состоянии, но совместными усилиями педагогов, родителей, прихожан и старших воспитанников был проведён ремонт и здание подготовлено к началу нового учебного года. С обретением своего помещения появилась возможность значительно расширить сферу деятельности воскресной школы и охватить гораздо большее количество детей. Если ранее занятия проводились только по воскресениям и включали изучение Закона Божия, то в 2010 году при воскресной школе были открыты коллективы дополнительного образования детей, занятия в которых проходят в течение всей недели.
В 2014 году Свято-Троицкому приходу г.Кургана передано заброшенное муниципальное здание бывшего детского сада с целью организации в нем православного детского сада и расширения деятельности воскресной школы. В настоящее время проводится большая работа по восстановлению этого здания. В перспективе детский сад будут посещать около 300 детей.